Krušné hory jsou významné také svými rašeliništi. Najdeme zde spoustu lokalit, které jsou zároveň přírodními rezervacemi. Ať už to jsou např.
Národní přírodní rezervace Velký močál Rašeliniště Mrtvá slatina u Kovářské Přírodní rezervace Cínovecké rašeliniště a rašeliniště U jezera Přírodní rezervace Georgenfeldské horské rašeliniště .
Krušnohorská rašeliniště mají mezinárodní význam .
Víme však jak takové rašeliniště vzniká? Krušnohorská rašeliniště vrchovištního a přechodového typu začala vznikat již v raném post-glaciálu při ústupu pevninského ledovce. Při nadbytku srážkové či podzemní vody v relativně chladném podnebí, v podmínkách trvalého zamokření terénu a v prostředí chudém na živiny a bazické kationty docházelo postupně k rozvoji rozsáhlých porostů vlhkomilných mechorostů rodu Sphagnum – rašeliníků, které nahradily původní ostřicovo – blatnicové močály odpovídající kontinentálnímu klimatu pozdní doby ledové. Podmínkou takového vývoje byl především trvalý nadbytek vody v rozměrných odumřelých buňkách, zvaných hyalocyty.
Husté a trvale přirůstající porosty rašeliníků jsou proto neustále nasyceny vodou; v jejich spodních vrstvách tak vládne anaerobní prostředí, při němž je blokován normální rozklad odumřelých rostlinných pletiv a dochází k tzv. rašelinění. Zatímco rašelinné vrstvy v průběhu posledních tisíciletí postupně „přirůstaly“, extrémní podmínky těchto rašelinišť ( silné zamokření, silná kyselá reakce půdního prostředí a naprostý nedostatek živin ) nedovolovaly rozvoj normální lesní vegetace.
Charakteristická vegetace horských, klimaticky podmíněných rašelinišť ( vrchovišť )tak po celou poledovou dobu zůstala – bez ohledu na postupné změny podnebí – pozoruhodně neměnná. V současné době proto tyto biotopy představují památné pozůstatky původních vegetačních forem raného post-glaciálu, které jsou do značné míry podobné tundře dalekého severu a často poskytují útočiště typicky severním druhům rostlin a živočichů.
Vrstvy rašeliny, vznikající postupným přirůstáním rašeliníku, dosahují na některých krušnohorských lokalitách až osmi metrů.
Po dosažení určité kritické výšky vrchoviště odroste rašeliník z dosahu zamokřených horizontů, jeho růst se zpomalí a nakonec ustane; ve vegetaci převládnou malé keříky ( brusinka, vlochyně, šicha, vřes ), nebo některé traviny a živé rašeliniště se přemění ve vřesoviště, postupně zarůstající rašelinnou klečí nebo vzácně borovicí blatkou, břízou pýřitou a smrkem ztepilým. Konečnou fází tohoto vývoje pak představují rašelinné smrčiny, blatkové bory a porosty rašelinné kleče – přirozená vegetace organogenních půd na náhorní planině východních Krušných hor.
V posledním století byl tento přirozený vývoj vegetace horských rašelinišť v Krušných horách výrazně urychlen jejich umělým odvodňováním, které bylo prováděno v souvislosti s pěstováním lesa a s lokální těžbou rašeliny, probíhající zejména v 19. století. Na území jednotlivých přírodních rezervací i celé přírodní ptačí rezervace Východní Krušné hory jsou proto v zájmu postupné revitalizace těchto památných biotopů dříve vybudované hydromeliorační sítě rušeny hrázkováním odvodňovacích příkopů. tyto práce jsou souběžně prováděny na české i německé straně státní hranice.V důsledku toho dohází k postupnému zadržení vody, zvýšení hladiny podzemní vody a jejímu rozlití v prohlubních a vytvoření jezera. V těchto místech dochází k odumírání nerašeliništní vegetace, návratu vodního ptactva a k rozmnožení obojživelníků v těchto nádržích. Zároveň se navrací původní flóra.