Původně gotický farní kostel byl založen oseckým cisterciáckým klášterem v roce 1352 na terase nad údolím v dolní části dnes částečně zaniklé vsi Svatobor (Zwetbau) ve Vojenském újezdu Hradiště. Kostel však během staletí patrně zchátral, proto bylo v prvních desetiletích 18. století přikročeno k výstavbě nového kostela v barokním slohu.
Současný kostel Nanebevzetí Panny Marie, jehož přestavba proběhla v letech 1729 až 1732, tak stojí na základech původní stavby. Přestavět jej nechali Černínové, a to podle projektu předního českého barokního architekta Františka Maximiliána Kaňky. Údajně se jedná o jeho největší realizovaný církevní projekt. Ke kostelu přiléhala dodnes patrná fara, márnice a hřbitov.
Kostel ve Svatoboru stíhala jedna rána za druhou
Zvony z kostela ve Svatoboru byly sneseny a přetaveny na zbraně v roce 1917 v průběhu I. světové války. Chátrat začal kostel v pohnuté době po roce 1948 a také vinou nemilosrdné oblasti – vysídlovaných Sudet a vzápětí vzniku vojenského újezdu Hradiště.
V roce 1966 kostel dokonce vyhořel. Podle Vojenských lesů požár vznikl samovznícením uskladněných semen řepky. Po požáru kostel definitivně osiřel. Počátkem 21. století zbyly z kostela spolu s přilehlou farou a kostnicí už jen ruiny.
Koncem roku 2003 zahájila armáda, současný vlastník, spolu s památkáři kroky k záchraně kostela. V letech 2003 až 2011 bylo dostavěno zborcené zdivo závěru presbytáře do původní výše a stavba byla provizorně zastřešena plechovou sedlovou střechou. Věž kostela nahrazuje dnes jen jednoduchá nízká jehlancová stříška.
Samotný kostel je z důvodu bezpečnosti nepřístupný. Objekty se ale dají ze všech stran obejít a přes bezpečnostní mříže lze nahlédnout i dovnitř. Pokud nemůžete na místo dojet autem, jeďte autobusem do obce Dubina a do Svatoboru už dojdete po svých. Jsou to necelé tři kilometry. Odměnou vám bude cesta překrásnou krajinou Doupovských hor.